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設計先從深入解讀醫療工藝流程開始，考慮人與空間的尺度比例、心理感受，優化內部各空間的功能、關系及布局，同時利用生態景觀來組織串聯這些空間，通過”兩街一帶"、”兩個挑空區的處理”兩個內庭院”七大亮點設計對空間重新梳理，自然意境在空間中融入，營造出親切舒適、具有人性的醫療環境。
 
在原始建筑設計中，北面入口的挑空中庭，高度達到35米，過于高聳不適，在室內設計時加建一個玻璃金字塔狀的天花， 把挑空區垂直切割為兩段，下半段控制在三層樓的高度，空間感舒適;上半段對應的是中醫科區域，設計以玻璃金字塔為焦點的中醫文化景觀區域。與北面入口大廳相對應，針對南面掛號收費、領藥大廳的挑空區，室內設計建議用鋼結構加建出遞進的弧形的挑空平臺，并作為醫護人員的內部休息交流的空間場所。
 
2008年落成使用的長海醫院門診樓，體量達四萬多平米，地下為停車庫，地上共有八層，一層為門診大廳，二至六層為模塊化的診區單元，診室擁有良好的采光通風，診區布局采用雙通道原則，醫患分流，并采用了以器官為中心，醫療功能相關科室集中布置的原則。
標識系統與室內裝飾統一規劃，采用了符合軍旅文化的綠色系，科室入口的門頭結合標識系統的標準設計，強化空間秩序感，幫助病人識別科室。在科室的配色方面，則大膽采用了不同的配色方案，婦產科采用了粉紅色系，中醫科采用了棕色，眼科采用藍色，并根據科室的主色，橡膠地坪和隔簾等都做了相對應的色彩。